表观遗传研究

表观遗传是指在DNA序列不变的情况下，仅通过染色质状态改变引起遗传变异的现象。在动植物基因组中非编码的DNA序列占90%以上，以往的研究认为这些非编码序列是“垃圾DNA”。随着科学技术进步，新近研究表明这些非编码序列是具有重要调控作用的DNA元件。这些DNA元件通过表观修饰，改变染色质空间构象及转录调控因子结合状态，调控基因时空表达，进而导致动植物的表型变异、人类疾病发生等。因此通过表观遗传研究能够更加精准理解动植物表型变化、人类疾病发生等生命现象分子机理。表观遗传研究内容包括： DNA甲基化（一维）、蛋白质-DNA互作（二维）、DNA片段远程互作（三维）、RNA甲基化（m6A）等。

ATAC-seq

ATAC-seq是通过在活细胞或速冻组织中添加Tn5转座酶，对细胞核内的开放的核染色质区域进行切割，再结合高通量测序技术来研究染色质的可进入性。该技术能在全基因组水平鉴定染色质开放区域。

CUT&Tag

CUT&Tag是原位研究蛋白-DNA互作的新技术，通过Protein G/A-tn5与基因组上特定蛋白结合，实现定点切割与测序接头插入，通过测序获得蛋白-DNA互作信息。该技术能在一定程度上替代ChIP-seq。

ChIP-seq

ChIP-seq是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术，可在全基因组范围内全面分析蛋白与DNA之间的相互作用，普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。

Hi-C

Hi-C是用于研究基因组三维空间结构的新技术，能清楚地解析染色质A/B疆域、TAD、loop等三维远程互作信息，通过与ChIP-seq、ATAC-seq等表观数据联合分析，能解析出调控元件及其远程互作。

HiChIP/ChIA-PET

HiChIP和ChIA-PET都是研究特定蛋白介导的基因组三维结构新技术。其技术原理是在细胞核进行原位酶切和连接，再结合ChIP实验实现对特定蛋白介导的基因组远程互作进行精细捕获，都具有很高分辨率。

Capture Hi-C

Capture Hi-C技术是在Hi-C文库的基础上增加了一个特定探针捕获的过程。其原理是针对目标区域，设计探针，然后再利用探针从常规Hi-C文库中捕获目的片段进行测序，该技术的好处是能解析特定区域的远程互作。

GRID-seq

GRID-seq是一种全基因组范围内分析DNA-RNA相互作用的新方法，通过该技术研究，能够在全基因组水平鉴定参与转录调控的RNA，并能在全基因组水平解析lncRNA的功能。

DNA甲基化

DNA甲基化是发生在碱基序列上的一种化学修饰，甲基化能在不改变DNA序列的情况下，影响基因的表达。通过重亚硫酸盐处理，再结合通量测序手段可以鉴定出基因组甲基化位点。

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